水环境检测中，地下水与地表水的评价标准、采样方法、保存条件截然不同。地表水执行《地表水环境质量标准》，分Ⅰ至Ⅴ类；地下水执行《地下水质量标准》，同样分五类，但限值普遍更严。
地表水采样要考虑垂向和横向分布。河流应在主流线上取样，湖泊水库需分表层（水面下0.5m）、中层和底层（底泥上0.5m）。溶解氧、pH、水温等参数需现场测定，因为样品运输过程中这些指标会变化。用便携式多参数分析仪现场读数，记录时间、水温、天气。
地下水采样最大难点是洗井。在监测井中，停滞在井管内的水不代表含水层真实水质，必须先用潜水泵或贝勒管抽出3-5倍井管容积的水，待电导率、浊度、pH稳定后再采样。很多人图省事直接舀井口水，得到的是被井管材质溶出物和表面落尘污染的数据，毫无意义。
挥发性有机物采样时，水样必须充满样品瓶不留顶空，否则低沸点物质挥发损失。重金属样品则需加酸固定至pH<2。对比下来，地表水侧重富营养化指标（总磷、总氮、叶绿素），地下水更关注硬度、三氮和重金属，反映了不同的污染来源和迁移规律。
